La secuencia constructiva de este edificio y el rico patrimonio que atesora es fiel reflejo de la historia de nuestra localidad en sus últimos cinco siglos. La parroquia de Santa María de la Encarnación de Adra, erigida en 1501, perteneció a la diócesis granadina hasta 1957. Su primera iglesia, una de las siete levantadas en Las Alpujarras antes de 1530, se reducía a una nave cubierta con armadura y torre a los pies.
El aumento de población que se produce con la pesca de jábega y la introducción del cultivo de caña de azúcar, hizo que en 1591 el arzobispo Pedro de Castro decidiera su ensanche, concluido en 1599, que consistió en adosar a la iglesia una cabecera de concepción contrarreformista. Las cubiertas se resolvieron, para evitar que se incendiasen en un ataque, con bóvedas de ladrillo y sin tejados.
El asalto de una flota turco-berberisca en 1620 confirmó los peores temores: la iglesia fue saqueada e incendiada. Pero el arzobispo Galcerán Albanell acudió de inmediato a su reparo y decretó que se hiciera un parapeto “para que la gente que subiere a lo alto de la iglesia esté segura de los moros”. La obra, ejecutada entre 1621 y 1623, consistió en dos antepechos, uno que circundaba las bóvedas de los brazos del transepto y capilla mayor, y otro ochavado sobre el crucero, con dos saeteras en cada lado. Con esta intervención, la iglesia adquirió una configuración de fortaleza.
En la segunda mitad del s. XVIII se acometió una nueva ampliación mediante el derribo de la primitiva iglesia y la construcción de las tres naves actuales. Fue aumentada en profundidad la capilla mayor, así como la sacristía, al tiempo que se erigió una nueva torre en la cabecera.
A comienzos del s. XIX se construyó el camarín de la Inmaculada Concepción, nueva titular de la parroquia, que desde el s. XVI gozó de gran devoción en Adra, y se reconstruyó la torre, derrumbada por los terremotos de 1804. Las intervenciones posteriores, hasta la restauración acometida a finales del pasado siglo, en poco cambiaron ya su fisonomía.